相対式ホーム2面2線から成る地平駅で、ホームはJR湖西線の高架下に設けられています。駅名は皇子山ですが、湖西線の大津京駅(かつての西大津駅)が近く、相互に乗換駅として案内しており、通路には屋根が設けられています。また、乗り換え通路の脇には高層マンションが建っており、鉄道の結節点として機能しています。
2つのホームにそれぞれ改札口があり、改札外に踏切が設けられています。

皇子山駅ホーム。《2008年2月8日撮影》
びわこ国際マラソンのスタート&ゴール地点などとして知られる皇子山記念運動公園が近接しており、スポーツをする人の乗り降りが多い駅です。
番線表示はありません。以下、東側から順に。
皇子山の地名は、天智天皇のあとを継いだ近江朝廷の大友皇子が、壬申の乱に破れ近くで自殺したとされることに由来します。なお、皇子山の地名は
戦時中に廃止されていた、山上、漣の両駅を統合する形で戦後に新設された駅です。
コメント準備中。
《乗り換え》JR西日本-湖西線:大津京(徒歩4分)
2003年10月13日
2008年8月8日、写真を追加のうえ加筆修正
ご意見、ご感想などは、脇坂健までお願いいたします。
Copyright ©1999-2008 Wakisaka Ken. All Rights Reserved.