相対式ホーム2面2線から成る地平駅です。坂本方面行きホームの石山寺方に駅舎があり、石山寺方面行きホームとの間は構内踏切で連絡しています。カードリーダーが設置されていますが、自動改札機は設けられていません。改札上のアーチがトレードマークになっています。
大津線(石山坂本線+京津線)の中では、浜大津や京阪山科をしのぎ最大の乗降客数を誇っていますが、ホームの幅は狭く駅舎も小さいため、改札口はいつも多くの人でごった返しています。乗降客数が多いのは、JR東海道本線膳所駅との乗り換えがスムーズに行えるためでしょう。

京阪膳所駅ホーム。《2008年2月8日撮影》
駅を出ると、すぐ正面にJRと共用の駅前広場があり、また屋根がつながっているため、雨天でも傘を差さずに乗り換えることが可能です。
地図を見ると、石山寺方面からのレールがJR膳所駅にぶつかるような形になり、ここで急カーブを描いてJRと平行に北西へ向かい、そこから緩やかに離れるという、不思議な線形になっています。
番線表示はありません。以下、東側から順に。
JR西日本-東海道本線:膳所を参照のこと。
1969年10月まで、坂本方面の線路は国鉄が所有する貨物線で、ここに京阪電車および江若鉄道の列車が乗り入れる区間でした。このため、三線軌条(京阪京津線は標準軌、国鉄および江若鉄道は狭軌)となっていました。1913年4月以前については、JR西日本-東海道本線:膳所を参照のこと。なお、国鉄線廃止後も土地は国鉄が所有していましたが、国鉄の民営化後、京阪が国鉄清算事業団より購入しています。
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《乗り換え》JR西日本-東海道本線:膳所
2008年8月6日
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