島式ホーム1面2線から成る駅で、駅舎は橋上に設けられています。
改札を出ると、ペデストリアンデッキに青空広場が設けられており、また左手には飲食店などが入っています。ここを抜けて左側に進むと、JR石山駅の改札につながっており、両者の橋上駅舎がドッキングする形になっています。

京阪石山駅改札正面。《2008年2月8日撮影》
ホームは小さなスペースに無理に設けたような形になっているため、かなり狭い印象を受けます。

京阪石山駅ホーム。左側にJR石山駅があります。《2008年2月8日撮影》
京阪石山駅の前後では急なカーブを描いているため、列車が発着するときには甲高い音が耳に入ります。
番線表示はありません。以下、東側から順に。
JR西日本-東海道本線:石山を参照のこと。
JR西日本-東海道本線:石山を参照のこと(未記述)。
《乗り換え》JR西日本-東海道本線:石山
2008年8月4日
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