相対式ホーム2面2線から成る駅です。かつては穴太が複線区間の終点で、ここで折り返す列車も設定されていましたが、現在は折り返し設備そのものが撤去されており、純然たる中間駅となっています。
西側には竹林があり、いっぽう浜大津方面行きホームには大きな樹があります。

穴太駅ホーム。《2008年2月8日撮影》
住宅と畑が広がっています。
高台にあり、浜大津方面行きホームの脇から細い道を抜けると、琵琶湖を一望することができます。
番線表示はありません。以下、東側から順に。
門前町である坂本に多く見られる石積みなどを築いた石工集団、穴太衆の集落があったことによります。
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2008年8月9日
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