南守谷

島式ホーム1面2線から成る駅で、戸頭と同様、ホームが窪地部分に設けられているため高架駅のように見えますが、実際には駅のすぐ下館方脇に踏切があります。ホームからは地下道を通って南側にある駅本屋へ向かいます。自動改札機が設置されている有人駅です。

駅舎は天井が高いのですが、平屋建てです。駅正面の「南守谷」という駅名表示の脇には、かつては時計（時刻表示）が入っていたと思われますが、現在は取り外されています。

駅のすぐ南側には国道294号線があり、これをアンダークロスした先にニュータウンが広がっています。

いっぽう、駅の北側は、守谷の旧市街地へ続いています。